Vid Försvarshögskolan finns tre ämnesinstitutioner: Institutionen för ledarskap och militärpedagogik, Institutionen för krigskonst samt Institutionen för militärteknik. Försvarsmaktens språkcenter likställs också med dessa. Ämnesinstitutionerna ansvarar för att genomföra undervisningen i enlighet med läroplanerna.
