Maanpuolustuskorkeakoulussa toimii kolme ainelaitosta: Johtamisen ja sotilaspedagogiikan laitos, Sotataidon laitos sekä Sotatekniikan laitos. Niihin rinnastetaan lisäksi Puolustusvoimien Kielikeskus. Ainelaitokset vastaavat opetuksen toteuttamisesta opetussuunnitelmien mukaisesti.
Sotataidon laitos - Maanpuolustuskorkeakoulu
Sotatekniikan laitos - Maanpuolustuskorkeakoulu
Johtamisen ja sotilaspedagogiikan laitos - Maanpuolustuskorkeakoulu